2011年成为自治区级人文社科重点研究基地。2018年，按照学校“双一流”建设规划，中心更名为“丝绸之路历史文化研究中心”，并于2020年4月并入新成立的新疆大学历史学院。2018年更名后，依照国家发展战略和自治区“旅游兴疆”需要，中心的研究方向由原来的“西域研究学术史”“新疆社会治理研究”“新疆民族与宗教研究”“新疆历史与地理文献整理研究”四个方向，调整为现在的“新疆历史重大理论与学术史研究”“西北边疆文献研究”“西北边疆治理研究”“丝绸之路考古与历史研究”。
“十三五”时期，中心聚焦“社会稳定与长治久安”工作总目标，以“丝绸之路历史文化”为重心，将丝绸之路的历史文化话语体系构建和学术体系构建作为建设目标，依托历史学和民族学的学科支撑，将社会服务和历史发声作为特色和优势，加大与北庭研究院和各地州博物馆的合作力度，努力打造鲜活生动的爱国主义与各民族交流交融史的教育基地，为地区社会治理积极建言献策。
